Van der Elst memulakna kerjaya profesionalnya di RWD Molenbeek dan menerima panggilan pertama oleh pasukan kebangsaan pada 1982. Dua tahun kemudian, beliau berpindah ke Club Brugge dan bermain di sana sehingga beliau menamatkan kerjayanya pada 1999. Secara keseluruhannya, beliau telah membuat hampir 500 penampilan liga.

Van der Elst memenangi Kasut Emas sebanyak dua kali dalam kerjayanya. Beliau juga tampil dalam skuad Belgium di edisi Piala Dunia dari tahun 1986 hingga 1998. Satu-satunya jaringan gol beliau untuk Belgium ialah pada perlawanan persahabatan menentang Norway pada 25 Mac 1998, seri 2-2.

Selepas menamatkan kerjayanya sebagai seorang pemain, beliau menjadi pengurus di KFC Germinal Beerschot. Beliau kemudian menyertai KSC Lokeren Oost-Vlaanderen.

Pada 2005, Van der Elst kembali ke kelab lamanya, Club Brugge sebagai pembantu jurulatih. Selepas menjadi jurulatih di FC Brussels, beliau berpindah ke Lommel United yang bermain di Divisyen Kedua Belgium.

Gol antarabangsa